Crédit d'impôt recherche (CIR) et innovation (CII)

Un certain nombre d'avantages sont accordés aux entreprises qui font de la recherche. Parmi ces avantages se trouvent différents régimes spécifiques qui concernent les frais de recherche et développement (R&D), les brevets ou les jeunes entreprises innovantes par exemple.

Le crédit d'impôt recherche (CIR) est une aide fiscale aux entreprises qui engagent des dépenses de R&D ou d'innovation (CII).

Pour rappel, le CII est une extension au CIR qui s'applique aux dépenses effectuées par les PME jusqu'au 31 décembre 2027.

Les entreprises soumises à l'impôt sur le revenu souhaitant bénéficier du CIR pour l'année en cours devaient déclarer leurs dépenses de R&D avant le 18 mai 2025.

Les sociétés commerciales exerçant une activité de nature non commerciale et les associations soumises à l'impôt sur les sociétés qui exercent une activité de nature industrielle et commerciale ou agricole peuvent également en bénéficier.

Pour rappel, la loi de finances 2021 (article 35) a effectué quelques aménagements concernant le crédit d'impôt recherche. Le doublement de l'assiette du crédit d'impôt en cas de sous-traitance à des organismes publics est notamment supprimé depuis le 1er janvier 2022.

Enfin, les entreprises relevant du secteur textile-habillement-cuir qui exercent une activité industrielle et qui procèdent à l'élaboration de nouvelles collections peuvent prétendre, sous certaines conditions, au crédit d'impôt collection à raison des dépenses exposées à ce titre jusqu'au 31 décembre 2027 (article 244 quater B, II, h  du  CGI).

Cet article ne traite pas du crédit d'impôt en faveur de la recherche collaborative (CICo) créé par la loi de finances pour 2022 (article 69).

Entreprises et activités de recherche éligibles au CIR

Le crédit d'impôt recherche concerne potentiellement toutes les entreprises industrielles et commerciales ou agricoles indépendamment de leur secteur d'activité ou leur taille.

Il faut que l'entreprise soit soumise à un régime réel, normal ou simplifié à l'IS ou de l'IR ou que cette entreprise soit exonérée d'impôt en raison de son statut particulier tel que les jeunes entreprises innovantes (JEI), les entreprises créées pour la reprise d'une entreprise en difficulté ou encore des entreprises situés dans certaines zones (ZFFR, ZRR, ZFU etc.).

Par ailleurs, une entreprise artisanale soumise à un régime réel d'imposition au titre des bénéfices industriels et commerciaux peut bénéficier du dispositif.

L'administration définit les opérations de recherche éligibles au crédit d'impôt en s'appuyant sur le Manuel de Frascati élaboré par l'OCDE.

Les activités de recherche concernées sont :

• la recherche fondamentale ;
• la recherche appliquée ;
• les opérations de développement expérimental effectuées au moyen de prototypes ou d'installations de pilotes.

Ces activités doivent être exercées au sein d'un État de l'Union Européenne ou de l'Espace Économique Européen et cet État doit avoir conclu une convention d'assistance contre la fraude et l'évasion fiscale.

Depuis le 1er janvier 2022, les entreprises peuvent interroger le ministre chargé de la recherche pour s'assurer de l'éligibilité au crédit d'impôt recherche de leurs seuls projets de recherche.

Les PME peuvent également bénéficier du CII  pour leurs dépenses d'innovation portant sur des activités de conception de prototypes ou d'installations de pilotes de nouveaux produits. Ce dispositif est disponible jusqu'au 31 décembre 2027, mais à un taux diminué à 20% pour les dépenses exposées depuis le 1er janvier 2025 (au lieu de 30% précédemment) (article 56 de la loi de finances pour 2025).

L'administration se réfère au Manuel d'Oslo pour définir les activités d'innovation (BOI-BIC-RICI-10-10-45-10, § 60). Les activités inhérentes à la conception de prototypes ou installations pilotes de nouveaux produits sont précisées au BOI-BIC-RICI-10-10-45-10, § 370 et suivants. Le produit ne doit pas avoir été mis à disposition sur le marché et il doit de distinguer des produits déjà existants de par ses performances supérieures sur le plan technique, de l'éco-conception, de l'ergonomie ou des fonctionnalités. Ce prototype ne doit pas être destiné à être mis sur le marché mais utilisé comme modèle pour la réalisation d'un nouveau produit.

Une même opération peut successivement ouvrir droit au crédit d'impôt recherche et au crédit d'impôt innovation au titre de la phase de recherche et développement, puis d'innovation (BOI-BIC-RICI-10-10-45-10, § 370).

Les dépenses éligibles au CIR

L'assiette de calcul du crédit d'impôt recherche est composée d'un certain nombre de dépenses dont la liste est limitative. Elle est fournie par l'article 244 quater B du CGI.

Les dépenses éligibles peuvent être des dépenses de personnel, les salaires et charges sociales, des dépenses de fonctionnement ou encore des travaux de recherche externalisés, certaines dotations aux amortissements et les dépenses des brevets.

Les dotations aux amortissements des immobilisations affectées à la recherche ne sont exclues que lorsque l'immobilisation est donnée en location-gérance (pour le propriétaire et le locataire-gérant).

Les dépenses de personnel sont prises en compte pour leur montant réel (rémunérations et cotisations sociales) dès lors qu'elles concernent les chercheurs et techniciens de recherche. Les assistants et secrétaires sont exclus.

Les dépenses de fonctionnement font l'objet d'une évaluation forfaitaire qui correspond à 40% des dépenses (anciennement 43% avant l'entrée en vigueur de la loi de finances pour 2025) de personnel et 75% des dotations aux amortissements éligibles.

Un avantage particulier est accordé en cas d'embauche en CDI d'un titulaire d'un doctorat ou diplôme équivalent. Avant l'entrée en vigueur de la loi de finances pour 2025, les rémunérations des jeunes docteurs étaient prises en compte pour le double de leur montant dans le cadre du CIR (200%) pendant 24 mois. Ce mécanisme spécifique aux jeunes docteurs est supprimé pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025.

Les dépenses de fonctionnement ne constituent plus depuis le 1er janvier 2023 une composante de l'assiette du crédit d'impôt innovation mais continuent de constituer une composante du crédit d'impôt recherche en application de l'article 244 quater B, II-c du CGI (article 83 de la loi de finances pour 2022).

A compter du 15 février 2025 et de l'entré en vigueur de la loi de finances pour 2025, les frais annexes suivants ne sont plus pris en compte :

• les frais de prise de maintenance et de défense ainsi que les amortissements des brevets et de certificats d'obtention végétale acquis en vue de la recherche ;
• les dépenses de veille technologique.

Sont toutefois encore prises en compte les dépenses exposées dans le cadre d'un contrat de sous-traitance (avec un organisme de recherche public ou privé).

Crédit d'impôt recherche et sous-traitance

Des règles particulières s'appliquent en cas de sous-traitance à un organisme de recherche public, assimilé public ou privé (BOI-BIC-RICI-10-10-20-30).Ces organismes doivent réaliser eux-même les dépenses de recherche et ne peuvent les sous-traiter.La sous-traitance en cascade n'est pas comprise dans le calcul des dépenses éligibles.

Ils doivent être titulaires d'un agrément délivré par le ministre chargé de la recherche.

Les dépenses de sous-traitance (organisme de recherche privé agréé ou un expert-agréé par exemple) sont plafonnées à trois fois le montant des autres dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d'impôt.

Pour les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2022, ce plafond s'applique également lorsque les dépenses sont sous-traitées auprès d'organismes de recherche publics et assimilés.

L'ensemble des dépenses de sous-traitance est plafonné à 10 millions d'¤ par an en l'absence de liens de dépendance entre l'entreprise et l'organisme prestataire, et à 2 millions d'¤ dans le cas contraire (le plafond était fixé à 12 millions d'¤ pour les dépenses exposées avant le 1er janvier 2022).

Crédit d'impôt recherche et portage salarial

Certaines entreprises s'interrogent sur la possibilité d'inclure, dans l'assiette du crédit d'impôt recherche (CIR) ou du crédit d'impôt innovation (CII), les dépenses de personnel engagées via des contrats de portage salarial. L'administration fiscale a apporté des clarifications, ces dépenses peuvent être prises en compte sous certaines conditions (BOI-RES-BIC-000155, 23 octobre 2024).

Le portage salarial, considéré comme un prêt de main-d'½uvre à but lucratif licite, doit respecter les dispositions des articles L. 1254-1 et suivants du Code du travail. Les salariés portés doivent effectuer, dans les locaux de l'entreprise utilisatrice et avec ses moyens, des opérations de recherche et développement éligibles. Seules les rémunérations et charges sociales des chercheurs et techniciens directement et exclusivement affectés à ces opérations peuvent être incluses, à l'exclusion des frais indirects.

Cette position s'appuie sur un arrêt du Conseil d'État du 25 janvier 2017 (n°390652), qui reconnaît que les dépenses éligibles au crédit d'impôt ne se limitent pas aux seules rémunérations versées aux salariés de l'entreprise, mais s'étendent aux personnels mis à disposition par un tiers. Les entreprises peuvent donc intégrer ces dépenses dans le calcul du CIR ou du CII, en veillant à respecter scrupuleusement les conditions légales.

Calcul du CIR 2025

Le montant du crédit d'impôt recherche correspond à 30% (ou 50% pour les départements d'outre-mer) des dépenses éligibles jusqu'à 100 millions d'¤. Au-delà de ce montant, il est limité à 5% des dépenses.

Par ailleurs, les subventions publiques reçues dans le cadre des recherches doivent être déduites du montant des dépenses prises en compte dans le calcul du CIR.

Ce crédit est calculé sur l'année civile, et ce peu importe la date de clôture de l'exercice. Ainsi, même si l'exercice est clos le 30 septembre d'une année N, le crédit sera calculé sur les dépenses engagées entre le 1er janvier et le 31 décembre de cette même année N.

Il fait l'objet d'une déclaration spécifique, obligatoirement souscrite par voie électronique. C'est le formulaire 2069-A-SD. De plus, en fonction des dépenses engagées, l'annexe 2069-A-1-SD devra être jointe à la déclaration.

Le CII, qui fait partie du CIR, concerne les PME au sens communautaire qui mettent au point des prototypes et des installations pilotes. Il est égal à 20% (ou 30% pour les dépenses effectuées avant 2025) des dépenses éligibles. Le taux est porté à 60% pour les départements d'outre-mer et respectivement à 40% et 35% en Corse pour les PME.

Dans la même idée que le CIR, les subventions publiques dans le cadre des recherches doivent être déduites du montant des dépenses prises en compte dans le calcul du CII. De plus, le CII est calculé par année civile quelle que soit la date de la clôture de l'exercice.

Par principe, le crédit d'impôt se calcule dans la limite d'un plafond de 400 000¤ par an, soit un montant maximal de 80 000¤ de crédit d'impôt.

Ainsi, pour les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2023, le montant maximum annuel de crédit d'impôt dont peut bénéficier une PME au titre de ses dépenses d'innovation est porté de 80 000¤ à 120 000¤ en métropole et de 160 000¤ à 240 000¤ dans les DOM (article 83 de la loi de finances pour 2022).

Le CIR et CII s'imputent sur l'IS ou l'IR de l'exercice. La déduction se fait au moment où l'entreprise paie le solde de l'impôt au titre de l'année au cours de laquelle les dépenses ont été effectuées. Ainsi, le crédit d'impôt résultat des dépenses d'une année N s'impute sur l'impôt dû au titre de cette même année UN (impôt qui est payé en mai N+1).

Le solde non imputé est une créance sur l'État utilisable au cours des 3 années suivantes. Au bout de ce délai, le solde de la créance peut faire l'objet d'un remboursement.

Les PME au sens communautaire, les entreprises qui font l'objet d'une procédure collective, les jeunes entreprises innovantes (JEI) ou encore les entreprises créées depuis moins de 2 ans, peuvent obtenir un remboursement immédiat du solde non imputé à l'issue de la première année.

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